Aplikační protokoly TCP/IP
HTTP (HyperText Transfer Protocol)
protokol pro komunikaci mezi WWW servery a jejich klienty (browsery). Umožňuje browseru vyžádat si na serveru konkrétní WWW stránku, kterou mu server následně zašle. Protokol HTTP je koncipován jako bezestavový, což znamená že každý požadavek je samostatný a nemá žádnou návaznost na žádný z případných předchozích požadavků - jinými slovy: WWW server si nemusí nic pamatovat o předchozí komunikaci s kterýmkoli klientem, a každý požadavek vyřizuje jako kdyby byl první (jediný).
SMTP (Simple Mail Transfer Protocol)
poštovní protokol pro vzájemnou komunikaci mezi poštovními servery, prostřednictvím kterého si jednotlivé servery předávají mezi sebou konkrétní zprávy. Protokol SMTP předpokládá trvalou dostupnost příjemce i odesilatele - pokud se odesílajícímu poštovnímu serveru nepodaří zkontaktovat přijímající poštovní server, interpretuje to jako chybu a snaží se ji napravit opakováním pokusů o přenos. Kvůli této své vlastnosti protokol SMTP není použitelný pro přenos poštovních zpráv až ke koncovým poštovním klientům, kteří nemusí být trvale dostupní. Pro tyto účely musely být vyvinuty další protokoly, konkrétně protokoly POP3 (Post Office Protocol, verze 3) a IMAP (Internet Message Access Protocol).
NNTP (Network News Transfer Protocol)
protokol pro distribuci síťových novin, resp. jednotlivých příspěvků v rámci diskusních skupin (newsgroups) síťových novin (USENET-u). Tento protokol musel být vyvinut poté, co se síťové noviny "přestěhovaly" do Internetu - tj. začaly být šířeny především prostřednictvím Internetu.
FTP (File Transfer Protocol)
protokol pro přenos souborů mezi uzlovými počítači sítě. Předpokládá existenci FTP serverů (nazývaných též FTP archivy), což jsou v zásadě běžné uzlové počítače s možností přístupu do jejich systému souborů na dálku - uživatel jiného uzlového počítače v roli FTP klienta pak může z FTP serveru "stahovat" soubory směrem k sobě (provádět tzv. download"), nebo naopak soubory umisťovat na FTP server (provádět tzv."upload"), podle konkrétních přístupových oprávnění, která mohou být v rámci FTP nastavována pro jednotlivé konkrétní uživatele.
TFTP (Trivial File Transfer Protocol)
protokol FTP je "plnohodnotný" přenosový protokol, v tom smyslu že je vybaven prakticky všemi mechanismy a vlastnostmi, které jsou zapotřebí pro přenosy celých souborů v počítačových sítích. V některých situacích však tato jeho "plnohodnotnost" může být spíše na závadu, a to kvůli jeho relativně velké složitosti a náročnosti na implementaci. To může vadit například bezdiskovým stanicím, které si potřebují pouze jednorázové stáhnout svůj tzv. boot image (soubor, obsahující vše potřebné k jejich startu), přičemž příslušný kód který toto zajistí musí být co možná nejmenší, tak aby jej bylo možné umístit do pevné paměti (např. paměti ROM) v bezdiskové stanici. Pro takovéto účely byl vyvinut protokol TFTP (Triviální FTP), jako maximálně odlehčená verze protofolu FTP. Odlehčená je například v tom, že nezná pojem uživatele a přístupových práv, nezná pojem aktuálního adresáře, a neumožňuje procházet adresáři serveru, ze kterého jsou soubory stahovány - TFTP klient nemůže na serveru nic vyhledávat, a místo toho musí "jít na jistotu" pro konkrétní soubor který potřebuje.
NFS (Network File System)
protokol NFS slouží potřebám plně transparentního sdílení souborů v sítích na bázi TCP/IP, a to zejména v sítích lokálních. Rozdíl mezi sdílením a přenosem souborů (který zajišťuje protokol FTP, ev. TFTP) je v tom, zda si klient uvědomuje rozdíl mezi "místními" a "vzdálenými" soubory či nikoli. V případě přenosu souborů je pro klienta zásadní rozdíl mezi "místními" soubory, které se nachází na jeho počítači, a soubory vzdálenými, které se nachází na jiném počítači (FTP serveru) - s těmito vzdálenými soubory musí manipulovat jinak, než s místními soubory (musí vědět, kde se nachází, a pak si je může přenést k sobě prostřednictvím protokolu FTP). Naproti tomu v případě sdílení souborů protokol NFS zajišťuje to, aby se i vzdálené soubory klientovi jevily jako soubory místní - aby klient nemusel vědět kde přesně se nachází, ani nemusel s nimi manipulovat zvláštním způsobem, ale aby se na ně mohl dívat stejně jako místní soubory a stejně tak s nimi manipulovat, jako kdyby to byly jeho místní soubory. Proto je také tento způsob sdílení označován jako plně transparentní (ve smyslu: neviditelný), protože z pohledu klienta skutečně zcela zakrývá fakt, že některé soubory ve skutečnosti jsou vzdálené.
Telnet
protokol Telnet slouží pro tzv. vzdálené přihlašování, neboli k tomu, aby se uživatel jednoho počítače dostal do stejného postavení, jaké má uživatel jiného (vzdáleného) počítače - a mohl si zde například spouštět různé aplikace a pracovat s nimi, a využívat tak výpočetní kapacitu vzdáleného počítače, či jeho další zdroje (aplikace, soubory, periferie apod.). Protokol Telnet je koncipován tak, aby umožňoval "spolupráci" různých platforem - nepožaduje nic specifického na platformě počítače, ze které se uživatel přihlašuje ke vzdálenému počítači (nepožaduje například, aby to byly počítače se stejným operačním systémem). Díky tomu je například možné, aby se prostřednictvím protokolu Telnet uživatel počítače PC s MS Windows přihlásit na dálku k Unixovému počítači, a pracoval s Unixovými aplikacemi, které běží na tomto vzdáleném počítači (ale na jeho počítači PC by provozovány být nemohly).
rlogin (remote login)
jednou z nevýhod protokolu Telnet je skutečnost, že při každém přihlášení ke vzdálenému počítači nutí uživatele, aby znovu zadal své "identifikační informace" (jméno a heslo) a sám se přihlásil ("zalogoval") do operačního systému vzdáleného počítače - protokol Telnet nedokáže takovéto přihlášení (login) zajistit sám a automaticky. Důvodem je právě fakt, že netrvá na žádné "příbuznosti" místního a vzdáleného počítače. Proto také nemůže předpokládat, že by se mu mohlo vždy podařit "vytáhnout" potřebné přihlašovací informace z místního počítače a pak je předložit vzdálenému počítači k automatickému přihlášení. Pokud například uživatel pracuje v prostředí MS DOS a prostřednictvím Telnetu se přihlašuje ke vzdálenému počítači (např. Unixovému), prostředí DOS vůbec nezná pojem uživatele, a protokol Telnet tedy ani nemá možnost zjistit jméno svého uživatele. Proto se musí uživatel přihlásit ("zalogovat") sám, ručně. Vedle protokolu Telnet však existuje obdobně zaměřený protokol rlogin (od: remote login, doslova: vzdálené přihlášení), který je schopen sám zajistit automatické přihlášení (zalogování) do vzdáleného počítače - ovšem za cenu toho, že obě komunikující strany musí stát na stejné platformě (v zásadě jen na platformě Unixu).
SNMP (Simple Network Management Protocol)
protokol sloužící potřebám správy sítí. Umožňuje průběžný sběr nejrůznějších informací pro potřeby správy sítě, a jejich následné vyhodnocování. Na tomto protokolu je dnes založena většina prostředků a nástrojů pro správu sítě.
NTP (Network Time Protocol)
Protokol, sloužící potřebám synchronizace časových základen uzlových počítačů sítě. Lze si jej představit jako prostředek pro oznamování aktuálního času, na jehož základě si jednotlivé uzly "seřizují" svoje individuální hodinky.
LDAP (Lighweight Directory Access Protocol)
protokol určený pro udržování adresářů a práci s informacemi o uživatelích (např. pro vyhledávání adres konkrétních uživatelů v příslušných adresářích, resp. databázích). Protokol LDAP je založen na doporučení X.500, které bylo vyvinuto ve světě ISO/OSI, ale do praxe se ne zcela prosadilo, zejména pro svou "velikost" a následnou "těžkopádnost". Protokol LDAP již ve svém názvu zdůrazňuje fakt, že je "odlehčenou" (lightweight) verzí, odvozenou od X.500.
WHOIS
protokol, vyvinutý v prostředí TCP/IP pro potřeby vedení databází údajů o uživatelích, zejména o jejich adresách. Existuje i dokonalejší verze (tzv. referral WHOIS, neboli rWHOIS). Dnes ale převažuje použití protokolu LDAP.
Z39.50
protokol pro indexaci a vyhledávání, který se stal základem pro službu WAIS (umožňující plnotextové vyhledávání v databázích dokumentů)